به روایت دیگر این مسجد نخست معبد زرتشتیان بوده و قبل از زمان انوشیروان عادل ساخته شده و درب ورودی آن از طرف محراب باز میشد، اکنون نیز آثار آن باقی مانده و باب اطاق مانند روبروی محراب ( مقابل درب ورودی پیشین) قرار دارد که جایگاه موبدان بوده است.
مسجد جامع از ارزشمندترین و قدیمی ترین مساجد ارومیه بوده و تاریخچه آن به دوره های سلجوقیان و ساسانیان برمی گردد بنابراین در دوره های مختلفی معماری هایی جهت کامل شدن آن انجام گرفته است.
مسجد جامع ارومیه دارای سه ورودی است که بعدها به محوطه های ستوندار پیوند زده شد، از طرفی یکی از ورودی های بازار تاریخی ارومیه نیز به سمت مسجد جامع باز می شود.
صحن مسجد جامع نیز به صورت مربع مستطیل بوده و با دو ورودی به راسته سنگ تراشان و بازار قدیمی شهر ارتباط دارد که این نیز فضای زیبا و دلنشینی به منظره مسجد بخشیده است، همچنین این بنا به شماره ۲۳۴ به ثبت تاریخی رسیده است.
مجموعه‌ی آثار پیرامون صحن شامل شبستان، محراب ایلخانی، چهل‌ستون، حجرات اطراف صحن، شبستان ضلع شرقی گنبد خانه است:
شبستان گنبددار قدیمی: هسته اولیه بنا را این مجموعه تشکیل می دهد و حاوی کلیه مشخصات معماری اسلامی است. به احتمال قریب به یقین این بخش مربوط به دوره سلجوقیان (قرن ششم هـ.ق) به بعد است. محراب مسجد با گچ بری نفیس در این قسمت قرار دارد و در تاریخ ۶۷۶هـ.ق- در زمان حکومت ایلخانان- به بهترین نحو ساخته شده است.
محراب ایلخانی، محراب گچبری مسجد جامع ارومیه به ارتفاع ۷,۸۲ متر و عرض ۵.۴۸ متردر ضلع جنوبی گنبد خانه اولین نمونه از ۲۳ محراب گچبری دوره ایلخانی می‌باشد که بر روی محراب قدیمی‌تر دوره سلجوقی و در تداوم هنر گچبری این دوره اجرا گشته است. از آنجا که اجرای این اثر نفیس و ارزشمند به تاریخ ۶۷۶ ه.ق. در مرز زمانی بین دو دوره سلجوقی و ایلخانی واقع شده است، با داشتن بسیاری از خصوصیات محراب‌های ایلخانی وجوه مشترکی نیز با محراب‌های دوره سلجوقی دارد.