غار در سال ۱۳۶۸ به صورت اتفاقی و در اثر انفجار برای جستجوی آب توسط سازمان آب دلیجان کشف شد. قدمت غار حدود ۷۰ میلیون سال تخمین زده می‌شود و جزء غارهای آهکی و زنده دنیا محسوب می‌شود. غار چال‌نخجیر از جمله غارهای طبقاتی است و از سه طبقه تشکیل شده است. سنگ‌های تزئینی با اشکال متنوع مانند عقاب، لاک پشت، گوزن، انسان، کبوتر و تندیس‌های غول پیکر بلورین ایجاد شده‌است که بیشتر آنان از جنس آهک است. تالارهای «عروس»، «گل کلمی»، «آبشارگلی»، «فرسنگ» و هیولا از جمله بخش‌های دیدنی این غار نادر و عجیب است.این غار متعلق به دوران سوم زمین‌شناسی است و این غار یک غار طبیعی و جزو غارهای طبقاتی می باشد. غار سنگ ها از نوع گل کلمی بوده و جزوء غارهای خود احیای دنیاست.این غار در سال ۱۳۸۴ خورشیدی در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.