مسجد جامع نایین از معدود مساجد اولیه شبستانی است که کمتر دستخوش تغییر و تحول شده و صورت اولیه خود را تا به امروز حفظ کرده است. این مسجد شامل صحن و شبستان هایی در سه جبهه ی آن و رواقی در جبهه ی مقابل قبله بوده است. مسجد شش ورودی داشته که در حال حاضر ورودی اصلی آن در جبهه ی جنوب شرقی قرار دارد و سر در آن احتمالا متعلق به دوره ی صفوی است. در کنار این ورودی تک منار مسجد قرار گرفته که ارتفاع آن ۲۸ متر و به صورت هشت ضلعی ساخته شده است. این مناره از آثار قرن چهارم قمری است. هنگام ورود به مسجد وارد شبستان جنوب غربی می شویم و در جبهه ی عمود بر آن شبستان دیگری قرار دارد که هر دو ما را به حیاط رهنمون می کند. چهار ضلعی حیاط در هر بدنه فضایی را به ما نشان می دهد.جبهه ی جنوب غربی به علت قرار گیری در جبهه در جهت قبله مهمترین و اصلی ترین شبستان به شمار می آید و منبر و محراب اصلی در این قسمت قرار دارد. محراب این مسجد بی‌تردید اصیل‌ترین نمونه هنر محراب‌سازی در دوره عباسیان است. سردر اصلی این مسجد در شمال شرقی صحن مسجد واقع شده است. صحن مرکزی مسجد وسعت زیادی ندارد و به شکل چهارضلعی بنا شده است. این صحن در سه طرف شرقی، جنوبی و غربی خود دارای چهلستون‌هایی است که مداخل بلند آنان مشرف به صحن است. نمای داخلی چهلستون‌ها دارای تزئینات آجری ساده است اما در مرمت‌های دوران بعد بیشتر بخش‌های آنها با گچ ساده پوشیده شده است. نمای اطراف صحن همچنان با آجرهای ساده‌ی برجسته تزئین شده به گونه‌ای که تزئینات مسجد جامع نائین شباهت فراوانی به سردر مسجد جورجیر اصفهان پیدا کرده است.ساختمان های ضلع شمالی از کف صحن اندکی مرتفع‌تر است و از ایوان‌های کوچکی تشکیل شده که داخل آنها با آجرهای برجسته تزئین شده است. مناره آجری مسجد که در زاویه جنوب شرقی صحن اصلی واقع شده است، در حدود 28 متر ارتفاع دارد. در زیر صحن مسجد شبستان وسیعی وجود دارد که دارای ستون‌هایی از جنس گل رس طبیعی است که از نورگیرهایی که در سقف تعبیه شده است روشنایی آن تامین می‌گردد. این شبستان به منزله سرداب وسیعی بوده که در ایام تابستان مورد استفاده قرار می گرفته و دارای دو مدخل ورودی بوده که به وسیله پله‌هایی از صحن مسجد جدا می شود.مهمترین فضای مسجد شبستان‌هایی هستند که به صورت عمیق در سه طرف صحن قرار گرفته‌اند. مهمترین و بزرگترین شبستان در جبهه قبله واقع شده است. تقریبا در وسط شبستان محراب ساخته شده است. این محراب در امتداد محور تقارن صحن مسجد قرار دارد.